يقع الجامع في القسم الجنوبي من قلعة صلاح الدين أمام جامع محمد علي، أمر ببنائه السلطان الناصر محمد بن قلاوون (718هـ/ 1318م)، ثم هدمه وأعاد بناءه (735هـ/ 1335م)، وكان المسجد الرسمي بالقلعة خلال العصر المملوكي، وكان موضع عناية واهتمام سلاطين المماليك.
وهو يعد أحد أبرز المعالم المعمارية للقلعة، ويمثل تحفة معمارية مزج القائمون على تصميمها بين كل الفنون المعمارية، فله مأذنتان اتخذت طابع مآذن الشرق الإسلامي؛ حيث كسيت قمتي المئذنتين والقبة من الخارج ببلاطات القاشاني الخضراء، ويزين القبة من الداخل كتابات تحمل آيات قرآنية واسم وألقاب الناصر محمد وتاريخ تجديد المسجد (735هـ/ 1335م).
يحتوي جدار القبلة على ثلاثة محاريب رخامية، ومنبر خشبي مطعم بالعاج والصدف عليه اسم الملك فاروق (1948م)، كما يعلو العقود بالصحن صف من الفتحات المعقودة مشابهه لمثيلاتها في الجامع الأموي بدمشق، كما يمتاز المسجد بالأسقف المزخرفة بالأشكال الهندسية الجميلة.
تعرض الجامع للتدمير في عهد الاحتلال البريطاني (1882م)؛ حيث استخدم كسجن ومخازن للجيش، ثم قامت هيئة الآثار المصرية بعد ذلك بترميمه (1948م).
